Mặc dù có được sự ủng hộ của đảng Whig trong Quốc hội, William cố duy trì thế quân bình giữa đảng Whig và đảng Tory.[72] Hầu tước Halifax, nổi tiếng với khả năng hoạch định chính sách trung dung, được William tin cậy trong những năm đầu nhà vua trị vì.[73] Đảng Whig chiếm đa số trong Quốc hội cũng muốn lập thế đa số trong chính phủ, tỏ ra thất vọng vì William không chịu dành cho họ cơ hội này.[74] Tuy nhiên, "thế quân bình" trong chính phủ không thể tồn tại quá năm 1690, sự tranh chấp đảng phái trở nên quyết liệt, William phải cho tổ chức bầu cử sớm trong năm.[75]

Sau cuộc bầu cử, William ngả về đảng Tory dưới quyền lãnh đạo của Danby và Nottingham.[76] Mặc dù chủ trương duy trì quyền lực nhà vua, đảng Tory không đủ sức thuyết phục Quốc hội ủng hộ quyết định của William tiếp tục chiến tranh chống Pháp.[77] William quay sang một nhóm thuộc đảng Whig gọi là Junto.[78] Năm 1694, đồng thuận với chính phủ Whig, William cho phép thành lập Ngân hàng Anh, một định chế tài chính tư, do các nhà ngân hàng thành lập. Động thái này được xem là một trong những di sản quan trọng nhất của William để lại cho nền kinh tế của đất nước,[79] thiết lập nền tảng cho giai đoạn chuyển tiếp khi nước Anh thay thế vai trò trung tâm của Cộng hòa Hà Lan và Ngân hàng Amsterdam trong giao thương toàn cầu thế kỷ XVIII.

Năm 1695, William giải tán Quốc hội, ngay trong năm Quốc hội mới được triệu tập với thế đa số thuộc về đảng Whig. Sau khi âm mưu ám sát nhà vua của nhóm Jacobite bị lộ, Quốc hội thông qua luật chống lại thủ lĩnh nhóm này, John Fenwick. Năm 1697, Fenwick bị xử chém.[80]

Chiến tranh ở châu Âu

William thường xuyên vắng mặt tại triều đình vì phải ra trận trong cuộc chiến chống Pháp, từ mùa xuân đến mùa thu mỗi năm.[81] Lúc ấy nước Anh gia nhập Liên minh Augsburg, còn gọi là Đại Liên minh.[82] Trong khi William chinh chiến phương xa, vợ ông, Mary II, trị vì đất nước theo lời cố vấn của ông. Mỗi khi William trở về, Mary trao quyền lại cho chồng, và cứ như thế cho đến khi bà qua đời năm 1694.[83]

Bình định trong nước

Dù phần lớn dân chúng ở Anh chấp nhận William, nhưng lại có sự chống đối đáng kể ở Scotland và Ireland. Phe Jacobite tại Scotland – họ tin rằng James VII mới là vua hợp pháp – giành được chiến thắng đáng kinh ngạc tại trận Killiecrankie, dù bị đánh bại chỉ trong vòng một tháng sau đó.[84] Thanh danh của William bị tổn hại do cuộc thảm sát Glencoe xảy ra trong năm 1692, khi 78 người Scotland hoặc bị giết hoặc bị để cho chết vì không chịu tuyên thệ trung thành với Quốc vương và Nữ vương[85] Trước áp lực của công luận, William tìm cách đổ trách nhiệm cho người khác, mặc dù những người này vẫn tiếp tục tại vị, theo lời của sử gia John Dalberg-Action, "một người là đại tá, người kia là hiệp sĩ, người thứ ba là một quý tộc, và người thứ tư là một bá tước."[85]

Tại Ireland, với sự trợ giúp của người Pháp, phe phiến loạn đủ sức kéo dài cuộc tranh chấp, dù James II phải đào thoát khỏi đảo quốc sau chiến thắng của William ở trận sông Boyne năm 1690. Hằng năm, vào ngày 12 tháng 7, người dân Bắc Ireland và người Kháng Cách Scotland vẫn kỷ niệm sự kiện này.[86] Sau khi thủy binh Anh - Hà Lan đánh tan nát thủy quân Pháp trong trận thủy chiến tại La Hogue vào năm 1692, liên quân có lúc làm chủ các bể, và Ireland được bình định với Hiệp định Limerick.[87] Cùng lúc, phe Đại Liên minh bị suy yếu đáng kể khi William thất trận tại Namur ở Hà Lan thuộc Tây Ban Nha vào năm 1692, rồi bị đánh tan tác ở trận Landen năm 1693.[88] Vào năm 1694, vua William III lại thân chinh xuất quân, đoạt lại được thành Huy. Năm sau tức là năm 1695, ông giành được thắng lợi ở Namur. Còn ở ngoài khơi, trước khó khăn về tài chính và quân Đồng minh vẫn liên tiếp đánh thắng thủy binh Pháp, Louis XIV phải cắt bớt chi tiêu cho chiến tranh trên bể.[89]

Nghi vấn đồng tính luyến ái

Trong thập niên 1690, có những lời đồn đại về nghi vấn William III có thể là người đồng tính luyến ái, từ đó lan truyền những tờ rơi châm biếm nhắm vào nhà vua.[90] William gần gũi với một vài cận thần người Hà Lan được ông ban cho tước vị ở Anh: Hans Willem Bentinck được phong Bá tước Portland, Arnold Joost van Keppel trở thành Bá tước Albemarle. Do không có nhân tình mà lại quan hệ thân thiết với các cận thần nam giới, kẻ thù của William cho rằng ông là người có khuynh hướng đồng tính. Cho đến nay vẫn còn bất đồng về tính chính xác của các cáo buộc này, một số người viết tiểu sử William khẳng quyết chúng chỉ là sự tưởng tượng của những người thù ghét ông,[91] trong khi những người khác tin rằng vẫn có một ít sự thật trong đó.[92][93]

Sự thân cận giữa Bentinck với vua William III khiến nhiều người ganh tị, nhưng các sử gia đương đại tin rằng khó có yếu tố đồng tính trong mối quan hệ này.[94] Tuy nhiên, có những nghi vấn trong trường hợp của Keppel, một thanh niên rất thanh lịch nhỏ hơn William 20 tuổi, từ danh phận tiểu đồng trở thành bá tước.[95] Năm 1697, Portland viết cho William III "những ưu ái Bệ hạ dành cho chàng trai trẻ… dấy lên những đồn đại mà Hạ thần cảm thấy xấu hổ khi nghe đến."[96] Điều này, ông nói, "làm vấy bẩn thanh danh của Bệ hạ trước đây chưa hề bị đặt dưới những nghi vấn như thế." William III trả lời, "Đối với Trẫm, thật là bất thường và là một tội nếu không thể dành cho một người trẻ tuổi sự trọng vọng xứng đáng." [96]

Năm 1694, Mary II mất vì bệnh đậu mùa, để lại William III trị vì một mình. Quốc vương William sầu khổ thương tiếc vợ[97]. Và dù đã chấp nhận đức tin Anh giáo, uy tín của Quốc vương William III tại Anh giảm sút rõ rệt khi không có vợ mình bên cạnh[98].

Hòa bình với Pháp

Năm 1696, lãnh thổ Drenthe của Hà Lan công nhận William là Thống đốc. Cũng trong năm ấy, phe những người Jacobite, trong nỗ lực phục hồi vương quyền cho James, mưu sát William III nhưng bị bại lộ. Ngày 20 tháng 9 năm 1697, Hiệp ước Rijswijk được ký kết, kết thúc cuộc Chiến tranh Chín năm. Louis XIV công nhận William III là vua nước Anh và ngưng trợ giúp James II.[99]

Giống như các vua chúa ở châu Âu, William III quan tâm đến việc kế vị ngai vàng Tây Ban Nha, ngoài Tây Ban Nha còn có các lãnh thổ rộng lớn ở Ý, Low Countries (gồm Hà Lan thuộc Nhà Burgundy, Hà Lan thuộc Pháp, Hà Lan thuộc Tây Ban Nha, và Hà Lan thuộc Áo), và Tân Thế giới. Do vua Tây Ban Nha, Carlos II, không có con nối ngôi, ngôi báu có thể thuộc về một trong những họ hàng gần nhất, trong đó có Louis XIV của Pháp), và Hoàng đế La Mã Thần thánh Leopold I. William III tìm cách ngăn cản không cho quyền kế vị rơi vào tay họ vì e sợ thế cân bằng quyền lực sẽ bị đảo lộn. Có sự đồng thuận giữa hai vua William III và Louis XIV về Hiệp ước Partition lần thứ nhất, chia cắt Đế quốc Tây Ban Nha: Công tước Joseph Ferdinand xứ Bavaria được Tây Ban Nha, trong khi vua Pháp và Hoàng đế La Mã Thần thánh chia phần với nhau những lãnh thổ nằm giữa hai nước này.[100] Carlos II chấp nhận Joseph Ferdinand là người kế vị, nhờ vậy châu Âu tránh được nguy cơ bùng nổ chiến tranh.[101]

Tuy nhiên, khi Joseph Ferdinand mất vì bệnh đậu mùa, vấn đề lại trở nên nóng bỏng. Năm 1700, William III và Louis XIV đồng ý với Hiệp ước Partition thứ nhì (còn gọi là Hiệp ước Luân Đôn), theo đó nước Ý sẽ vào tay con trai của Vua Pháp, còn những lãnh thổ khác của Tây Ban Nha sẽ thuộc về con trai Hoàng đế La Mã Thần thánh.[102] Thỏa hiệp này gây căm phẫn trong vòng dân chúng Tây Ban Nha – vẫn tìm cách ngăn chặn sự tan rã của đế quốc – lẫn Hoàng đế La Mã Thần thánh, đối với ông các lãnh thổ của Ý có giá trị hơn nhiều so với những vùng đất khác.[102] Hoàn toàn bất ngờ, cuối năm 1700 khi đang hấp hối, Vua Tây Ban Nha, Carlos II, quyết định để tất cả lãnh thổ Tây Ban Nha cho Philippe cháu của Louis XIV. Vua Pháp liền bỏ lơ Hiệp ước Partition thứ nhì để nhận phần đất từ Tây Ban Nha.[103] Kế đó, Louis XIV còn có thái độ thù địch với William III khi chính thức công nhận James Francis Edward Stuart – con trai của cựu vương James II – làm vua nước Anh khi James II mất năm 1701.[104] Cuộc tranh chấp giữa vua Anh và vua Pháp kéo dài đến năm 1713 trong Chiến tranh Kế vị Tây Ban Nha.

Kế vị ngôi vua nước Anh

Việc kế vị ở Tây Ban Nha không phải là mối bận tâm duy nhất của William. Hôn nhân với Mary II không cho ông đứa con nào, mà ông không có ý định tái hôn sau khi Mary qua đời. Em gái của Mary, Công chúa Anne (kế vị William III năm 1702 và là người cuối cùng của dòng họ Stuart), có nhiều con nhưng tất cả đều chết trẻ. Quốc hội thông qua Đạo luật Settlement 1701, quy định ngai vàng sẽ thuộc về Sophia nhà Hanover.[105]